Die Stiftung Berliner Mauer ist durch Gesetzesbeschluss vom 17. September 2008 als rechtsfähige Stiftung des öffentlichen Rechts errichtet worden. Zur Stiftung gehören die Standorte Gedenkstätte Berliner Mauer an der Bernauer Straße und die Erinnerungsstätte Notaufnahmelager Marienfelde, die beide ihren Namen beibehalten.
Zweck der Stiftung ist es, die Geschichte der Berliner Mauer und der Fluchtbewegungen aus der Deutschen Demokratischen Republik als Teil und Auswirkung der deutschen Teilung und des Ost-West-Konflikts im 20. Jahrhundert zu dokumentieren und zu vermitteln, sowie deren historische Orte und authentische Spuren zu bewahren und ein würdiges Gedenken der Opfer kommunistischer Gewaltherrschaft zu ermöglichen.